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NGS科研用建庫試劑盒
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M02421P-S/L RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

流程介紹

 

 

    當只測RNA3’端附近的轉錄組信息,Ion Torrent平臺所產生的數據量足以用來分析轉錄組的差異表達。和基因芯片技術相比,高通量測序數字基因表達技術為研究者提供一個更好的機會去發現和分析基因的差異表達。由于只將3’端附近的轉錄組信息作為研究對象,而對RNA剪接水平和其他基于全轉錄組水平的信息無過多需求,因而無需測定整個轉錄組,進而節省大量資金。類似轉錄組RNA文庫構建流程,好的方向性,自動化兼容的流程,更低的初始量也是這個產品的特別之處

 

 

流程圖
 
 

產品特點

• 低初始量:低至1ng的總RNA起始;
• 
簡單的流程:單管反應,整個實驗流程僅需6小時;

• 全面的分析:每個樣品每次測序能分析10000+基因。

 

產品優勢

• 從樣品到數據,時間更短;
• 
成本低廉,可以很好替代全轉錄組測序;

• 全面的分析:相比基因微陣列技術,RNA表達譜測序的覆蓋度更好。

 

產品信息

貨號

產品名

規格

M02421P-S

 RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

12 rxn

M02421P-L

 RNA Seq Library Preparation Kit for RNA Profiling– Ion Torrent Compatible

48 rxn

 
常見問題解答
1. Profiling和轉錄組的流程是否存在什么差別?
      二者操作流程完全一樣。只是逆轉錄引物有所不同。
 
2. RNA profiling樣品制備后,測序讀長的要求?
      只需要讀取3‘端20-30個堿基即可識別出不同種類的mRNA。
 
3. RNA profiling 樣品制備一般需要的Total RNA的量是多少?最低起始量是多少?
      在樣品量允許的情況下,用1ug的Total RNA,PCR進行10個循環,可以得到很好的結果。最低起始量可以達到1ng,但因為樣品少,得到的數據信息即是有限的。如果不是極端的情況,建議使用更多的樣品。
 
4. RNA Profiling的樣品制備是從Total RNA 起始的嗎?
      RNA Profiling是從Total RNA 起始的。rRNA的影響不會很大。但也可以選擇從mRNA起始。
 
5. 大家都在做轉錄組測序,只測3’ 端序列的RNA profiling Kit的好處是什么?
      實驗方法的選擇,和課題要回答的問題是直接相關的。如果只需要比較不同的實驗組之間mRNA的表達差異,而對于mRNA水平的突變等信息不感興趣,那么RNA Profiling這個方法就是一個很好的,低成本的選擇。因為整個mRNA的序列長度在3000個左右的bp,而profiling只需要讀3端的20-30個左右的堿基,因此如果只需要看拷貝數的話測序數據理論只要轉錄組的1%就可以獲得同樣的信息,可以大幅度節約成本。很多FFPE樣品中的RNA降解嚴重,且總量很低,這時候RNA Profiling因為它對樣品的完整性和初始量的要求都不高,就成為一個非常合適的選擇。
 
6. Ion Torrent 平臺的RNA profiling建庫流程和Illumina平臺的kit相比有什么不同?
      Ion Torrent 平臺的RNA轉錄組建庫流程和Illumina平臺的共同點在于:有很好的方向性,流程簡單,自動化兼容。不同的是:Ion Torrent平臺的 barcode共有12個,位于RNA方向性文庫的5’端,通過連接5’adaptor連接上去的。
 
 

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